3P5 Proteom’IC est une plateforme d’analyse protéomique de l’Institut Cochin, site Hôpital Cochin, Université Paris Cité

En investissant dès 2006 dans des moyens matériels de dernière génération, et en appuyant le recrutement d’ingénieurs spécialisés, l’Université Paris-5 René Descartes mettait à disposition de la communauté scientifique des moyens performants d’analyse. Ainsi ont été créées les premières « plateformes universitaires ».

Avec le financement d’une première chaîne d’analyse LC-MS et le recrutement d’un ingénieur, la Plateforme de Protéomique de l’Université Paris-5 Descartes (3P5) était créée dans un environnement propice, bénéficiant du rapprochement des plateaux de microanalyse des protéines et d’électrophorèse 2D, déjà présents au sein de l’Institut Cochin.

Aujourd’hui, la plateforme adopte un nouveau nom signant sa localisation à l’Institut Cochin (IC) : Proteom’IC. Elle dispose de 4 spectromètres et 7 ingénieurs/chercheurs permettent aux équipes de recherche d’accéder à des techniques protéomiques de pointe doublées d’une expertise précieuse. Celle-ci va des conseils à la préparation des échantillons jusqu’à l’accompagnement au complexe traitement des données et leur interprétation.

Les services proposés par notre plateforme sont accessibles aux différentes équipes de l’Université Paris Cité et, dans la limite de ses capacités, à toutes les équipes académiques extérieures à l’Université, ainsi qu’aux sociétés privées.

• Que faisons-nous ?

Après accord sur le mode d’analyse le plus adéquat en fonction de la question posée, Proteom’IC prend en charge vos échantillons de protéines et restitue un résultat d’identification et éventuellement de quantification de protéines. Lorsque le nombre de réplicats est compatible, une analyse statistique poussée de ces données permet d’en extraire des informations fiables permettant l’accès à l’analyse fonctionnelle/ontologique.

Résumé des étapes du déroulement d’un projet

• Où sommes-nous situés ?

La plateforme Proteom’IC est située à l’Institut Cochin, 22 rue Méchain Paris 14eme. Elle regroupe des appareils à haut débit et à haute performance pour l’identification et la quantification des protéines.

• Comment sommes-nous organisés ?

La plateforme 3P5-Proteom’IC est ouverte aux équipes académiques externes ainsi qu’aux demandes privées. Ses activités sont encadrées par une charte d’utilisation. La plateforme s’efforce d’offrir aux différents utilisateurs la plus large capacité possible d’analyses.

La plateforme a été labellisée par le groupement d’intérêt scientifique « Infrastructures en Biologie, Santé et Agronomie » (GIS-IBiSA) en Janvier 2009. Ce label est renouvelé à chaque demande de financement accordée. Enfin elle est certifiée ISO9001:2015 et travaille actuellement à la mise en place de la déclinaison NFX 50-900.

• Sommes-nous seuls ?

La plateforme est activement impliquée dans l’organisation des réunions du forum des plateformes protéomiques parisiennes (F3P) et dans le réseau des Plateformes Protéomique d’Ile de France (PPIF). Ses membres sont inscrits à la Société Française de Spectrométrie de Masse (SFSM) et à la Société Française d’Electrophorèse et d’Analyse Protéomique (SFEAP).