La plateforme 3P5 est équipée de différents matériels destinés à la préparation des échantillons en vue de leur analyse en spectrométrie de masse par différents analyseurs et modes d’ionisation.

Spectromètres de Masse

timsTOF Pro

La plateforme dispose de 2 spectromètres de masse timsTOF Pro (de la société Bruker) installés mi-juin 2020.

Le timsTOF Pro utilise la méthode d’acquisition PASEF (Parallel Accumulation Serial Fragmentation) pour fournir une vitesse et une sensibilité extrêmement élevées afin d’atteindre de nouvelles profondeurs en protéomique et phosphoprotéomique avec de faibles quantités d’échantillons.

 

Fusion

L’orbitrap Fusion (Orbitrap-Fusion-Tribrid de la société ThermoFisher Scientific) est un appareil permettant des performances de résolution et de rapidité exceptionnelles avec la flexibilité de 3 analyseurs, 2 modes de fragmentation et 2 détecteurs. De type Quadrupôle-Orbitrap+Trappe Ionique, ce spectromètre est capable de détecter en parallèle la MS1 dans l’Orbitrap (forte résolution et faible vitesse) et les MS2 dans la Trappe Ionique (résolution moindre mais haute vitesse).

Son acquisition en 2015 a été permise par un cofinancement FEDER de l’Union Européenne (Fonds Européen de DEveloppement Régional), du Cancéropôle Ile de France et de l’Université Paris Descartes.

 

 

Q-Exactive +

Les 2 appareils Q-Exactive Plus (de la société ThermoFisher Scientific) disponibles sur 3P5 sont des appareils à filtrage quadrupolaires et détection dans une cellule Orbitrap, alternant MS1 à haute résolution et MS2 à plus faible résolution dans la cellule Orbitrap.

Leur acquisition en 2013 a été permise par un cofinancement de l’Instut National du Cander (INCA), d’IBiSA (Infrastructure en Biologie Santé et Agronomie) et de l’Université Paris Descartes et en 2014 par un cofinancement de l’Institut Imagine et de la SFR-Necker.

 

TQS XEVO

Un spectromètre de masse de type triple quadripôle Xevo Xevo TQ-S (de la société Waters) est partagé à 50% avec l’hôpital Necker depuis 2012. Cet appareil est dédié pour des analyses quantitatives ciblées.

MALDI-TOF-TOF

La plateforme est équipée d’un MALDI TOF-TOF 4800 (de la société Sciex) depuis 2007. Cet appareil est essentiellement dédié aux analyses de peptides ou protéines purifiés.

Chromatographies

nano-RSLC

La plateforme est dotée de 4 chaînes nano-RSLC Ultimate 3000 (de la société Dionex) qui sont couplées aux spectromètres de masse en mode ionisation par électrospray (nanoESI). La plateforme est aussi équipée de collecteurs Probot (de la société LC Packing) pour la préparation des échantillons destinés à une analyse MALDI.

nano-colonnes à façon

AKTA

Logiciels

Identification et quantification des protéines (Mascot, MaxQuant)

Analyse des résultats (myProMS, Perseus)

Analyses Fonctionnelles (Ingenuity Pathway Analysis)

Autres appareillages

Octet

L’octet Red96 (de la société ForteBio) est un système de « Biolayer Interferometry » qui analyse en temps réel la concentration de protéines et autres biomolécules, qui permet de déterminer des constantes de cinétique et d’affinité et qui permet de réaliser un criblage des interactions protéine-protéine et protéine-petite molécule.

Son acquisition en 2016 a été permise par un cofinancement IBiSA et Institut Necker Enfants Malades (INEM).

 

Digester

L’automate de pipetage « Freedom EVO 100 » de la société TECAN a été configuré par 3P5 en robot de digestion. Ce robot, doté de 8 canaux, permet de digérer en microplaque des séries de 96 échantillons issus de gels 2D de polyacrylamide. Les caractéristiques du bras pipeteur combinées à l’agencement de la table de travail lui permettent de réaliser les étapes essentielles : digestion à la trypsine, dessalage en C18 et dépôt sur cibles MALDI à des fins d’analyses en MS directes ou en microplaques 96 puits pour des injections préalables en nanoLC.

Cet automate de pipetage « Freedom EVO 100 » peut évoluer en fonction de l’évolution des besoins spécifiques de 3P5 pour sélectionner d’autres solutions d’automatisation.

Off-gel

L’appareil Off-gel (3100 Off-gel fFractionator de la société Agilent) permet de séparer les peptides ou les protéines selon leur point isoélectrique et de les récupérer en solution après séparation.

Il est principalement utilisé lors d’analyses de protéomique quantitative par marquage chimique de type iTRAQ ou TMT.