Perseus

Perseus est un logiciel gratuit développé par Jürgen Cox :
The Perseus computational platform for comprehensive analysis of (prote)omics data
Nature Methods 2016.13, pages731–740(2016).

Les informations et liens de téléchargement sont disponibles sur le site suivant :
http://www.coxdocs.org/doku.php?id=perseus:start

Ce logiciel permet de préparer les données (filtres, transformation en log, profils centrés réduits/Z-score …), de faire des tests statistiques (T-test, Anova, Fisher…) et des graphiques de base (heatmap, vulcanoplot, analyse en composante principale…) afin d’identifier et de visualiser  les protéines différentiellement exprimées entre les conditions testées.

Jürgen Cox a développé un plugin qui permet de calculer les quantifications absolues des protéines (nombre de copies par cellules). Pour cela, les histones sont utilisées comme références internes dans chaque échantillon.
Hors, dans certain cas, les histones ne sont pas une référence adaptée (cellules à ploïdie hétérogène, cellules énuclées telles que les globules rouges…). Nous avons amélioré ce plugin de manière à pouvoir choisir la ou les protéines de référence.

Télécharger le plugin Protéomic Ruler 3P5 en envoyant un mail à Marjorie Leduc.

Ce fichier doit être placé dans le dossier « Perseus\bin » du programme pour être fonctionnel.
Si le plugin est correctement installé, alors un onglet « Proteomic ruler » doit apparaître dans Perseus :

Après avoir cliqué sur « Estimate copy numbers and concentrations », les options suivantes doivent être accessibles :