La Plateforme 3P5

Un petit  historique :

2006: La Plateforme de Protéomique de l’Université Paris Descartes (ex-Paris 5 d’où l’acronyme 3P5) a été créée sous l’impulsion du Pr. Bruno Varet, alors vice-président du conseil scientifique de 2004 à 2012, qui avait souhaité créer des structures centrales pour mutualiser l’investissement de l’Université auprès des équipes de recherche.

Cette action a permis de mettre à la disposition de la communauté universitaire des moyens performants d’imagerie et d’analyse au travers de la création de 6 plateformes universitaires dont 3P5.

2007: La plateforme 3P5 ainsi créée a été installée en 2007 au sein de l’Institut Cochin où existaient déjà un laboratoire de microanalyse des protéines (L. Camoin) et un laboratoire d’électrophorèse bidimensionelle (P. Chafey). L’installation s’est accompagnée de financements exclusivement universitaires pour une chaîne d’analyse nanoLC-MALDI performante et du recrutement d’un ingénieur statutaire dédié. Une des missions de la plateforme était par ailleurs de structurer l’offre protéomique proposée par différents sites équipés de spectromètres sur le campus de l’université. 3P5 réunissait régulièrement ses acteurs en protéomique : plateaux techniques locaux, équipes et/ou enseignants-chercheurs impliqués dans des projets et enseignements protéomiques sur les différents sites (Saints-Pères, Faculté de Pharmacie, Institut Necker-Enfants Malades, PARCC de l’HEGP, Institut Cochin, Institut des Cordeliers, Centre de neurosciences Broca/Sainte Anne, Odontologie). Le management de 3P5 était alors confié à L. Camoin (technique) et A. Edelman (scientifique).

2008: la plateforme 3P5 respectait déjà la charte des Infrastructures en Biologie Santé Agronomie (IBiSA). Elle a donc aisément décroché ce label en 2009 accompagné d’un cofinancement pour une nouvelle chaîne nanoLC ESI-Orbitrap. Une partie du financement a permis le recrutement d’une ingénieure en CDD pour deux ans. Le Dr. Patrick Mayeux a pris le rôle de coordinateur, et le management scientifique de 3P5.

2012: des locaux alloués par l’Institut Cochin ont permis une installation dans un environnement adapté et fonctionnel avec, outre des bureaux, une pièce dédiée préparation d’échantillons et une pièce dédiée spectromètres pouvant accueillir 5 chaînes d’analyse LC-MS. Des travaux d’aménagement a hauteur de 300 000€ ont été financés par l’Université. Cette même année le certificat ISO 9001:v2008 était attribué grace au concours de Mme Y. Lottin, à l’ensemble des plateformes situées à l’Institut Cochin; dont 3P5.

2013 puis 2015: des cofinancements IBiSA, Canceropole, Feder et Université permettaient encore d’accroître la capacité d’analyse de la plateforme dont l’activité est en constante progression grâce aux analyses Label-Free. Cette activité importante n’est désormais plus située que sur deux sites très actifs rassemblant une grande partie de la demande, principalement en recherche biomédicale : la SFR Necker et l’Institut Cochin.

Depuis 2015: avec la variété des appareils, les performances accrues des moyens d’analyse et les développements techniques adaptés, les demandes d’études de protéomique quantitative de modèles emblématiques des centres de recherche hébergeurs (Maladie infantiles, Hématologie, Signalisation, Cancer… ) ont littéralement explosé, se traduisant par de nombreuses publications qui associent des membres de la plateforme.

Les outils bioinformatiques et la bioanalyse sont venus enrichir le panel de prestations offertes par 3P5 avec une mutation importante vers l’activité de gestion et d’analyse de grands volumes de données, permettant de  mettre en relation génomes et protéomes.

2020: 3P5 sera partie intégrante de la toute nouvelle Université de Paris et sera à nouveau soutenue et équipée pour répondre aux défis d’une université de rang mondial.

Le soutien de l’Université Paris Descartes s’est par ailleurs matérialisé par le recrutement de 4 agents statutaires entre 2007 et 2014, par des dotations d’aménagement et rénovation de locaux et par le financement récurrent de CDD.

En quelques questions clés: 

Que faisons nous ? Après accord sur le mode d’analyse le plus adéquat en fonction de la question posée, 3P5 prend en charge vos échantillons de protéines et restitue un résultat d’identification et éventuellement de quantification de protéines avec, le cas échéant, une analyse statistique poussée de ces données pour en extraire un maximum d’informations, jusqu’à l’analyse ontologique.

Où sommes nous ? La plateforme 3P5 est pour partie hébergée à l’Institut Cochin (3P5-Cochin) et pour partie dans la Structure Fédérative de Recherche Necker (3P5-Necker). Elle regroupe des appareils à haut débit et à haute performance pour l’identification et la quantification des protéines.

Comment sommes nous organisés ? La plateforme universitaire 3P5 travaille en premier lieu avec les différents centres de recherche de l’Université, mais elle est ouverte aux autres équipes académiques externes ainsi qu’aux demandes privées. La plateforme 3P5 s’efforce d’offrir aux différents utilisateurs la plus large capacité possible d’analyses.

La plateforme 3P5 est régie par un règlement intérieur approuvé par le conseil de gestion des plateformes de l’Université Paris Descartes. Elle a été labellisée par le groupement d’intérêt scientifique « Infrastructures en Biologie, Santé et Agronomie » (GIS-IBiSA ) en 2009. Ce label est renouvelé à chaque demande de financement accordée. Enfin la plateforme située à Cochin est certifiée ISO9001:2015 et travaille actuellement à la mise en place de la norme NFX 50-900 sur les deux sites.

Sommes nous seuls ? Non, 3P5 est activement impliquée dans l’organisation des réunions du forum des plateformes protéomiques parisiennes (F3P) et dans le réseau des Plateformes Protéomique d’Ile de France (PPIF). Ses membres sont inscrits aux sociétés savantes SFSM (Société Française de spectrométrie de Masse) et SFEAP (Société Française d’électrophorèse et d’Analyse Protéomique).

Pour les nostalgiques, notre ancien site web à l’Université Paris Descartes est encore accessible ici : http://3p5.medecine.univ-paris5.fr/ il ne sera toutefois plus mis a jour au second trimestre 2020